NeoFlow かんたんマニュアル

1. 最短の操作手順

1. FCSを読み込む「📥 FCSインポート」、またはウィンドウへFCSをドロップします。
2. グラフを開く左のサンプル行をダブルクリックします。
3. 表示を整えるグラフ種類、X軸、Y軸、スケールを選びます。
4. ゲートを作る矩形・多角形・楕円などを選び、プロット上に描きます。
5. レイアウトへ送るグラフ右上の「⤴」をクリックします。
6. 保存・出力する⌘Sで保存し、「エクスポート」からPDFなどを書き出します。

※ キー表記は主にmacOS版です。Windows版では画面構成や一部の操作・表記が異なる場合があります。

2. FCSとワークスペース

FCSを読み込む

• ツールバーの「📥 FCSインポート」、または ⇧⌘I でFCSを選びます。複数選択できます。
• FCSファイルをワークスペースへ直接ドラッグ＆ドロップしても読み込めます。
• FCSを含むフォルダをドロップすると、サブフォルダ内も検索し、フォルダ名のグループとして取り込みます。
• FlowJoの .wsp / .jo は「📂 開く」から読み込めます。グループ、ゲート、補正行列、表示スケール、レイアウトなどが変換されます。

グループを使う

• All Samplesには、読み込んだ全サンプルが入ります。
• 「＋」でグループを作成します。サンプル行をグループタブへドラッグすると追加できます。
• 通常グループの「グループから除外」は、そのグループから外すだけです。
• All Samplesの「選択削除」は、サンプルとそのゲートをワークスペースから完全に削除します。

ワークスペースを保存する

⌘S または「💾 保存」で .neo ファイルとして保存します。ゲート、グループ、補正行列、軸設定、全レイアウトなどが保存されます。

3. グラフとゲート

グラフを開いて表示を変える

1. サンプル行をダブルクリックして、ungated（全細胞）のグラフを開きます。
2. 上段でグラフ種類を選びます。Pseudocolor / Dot plot / Contour / Density / Histogramを使用できます。
3. X軸とY軸のチャンネルを選び、必要に応じてLinear / Log / Biexなどのスケールを調整します。
4. 作成済みゲートをダブルクリックすると、その集団へドリルダウンします。

ゲートを作る

1. グラフ下段のゲートツールを選びます。
2. プロット上でドラッグまたはクリックして形を描きます。
3. 矩形・多角形・楕円・フリーハンド・範囲では、名前を入力して確定します。
4. 編集するときは「操作（↖）」へ戻し、ゲート本体またはハンドルをドラッグします。

名前・色・削除

• ゲート行を右クリックして「名前変更」または「色変更」を選びます。
• 選択中のゲートは Delete で削除できます。確認後、子ゲートも含めて削除されます。
• 操作を戻すには ⌘Z、やり直すには ⇧⌘Z を使います。

他のサンプルへゲートを適用する

• ゲート行を別サンプルの行へドラッグすると、そのゲートと子ゲートをコピーします。
• ゲート行を通常グループのタブへドラッグすると、そのグループの全サンプルへ適用します。
• 通常の共有ゲートは、形・名前・色の変更がリンク先へ反映されます。

4. Compensation（蛍光補正）

1. ワークスペース上部の「🎛️ Compensation」を開きます。
2. 「ファイル」と、確認に使う「集団」を選びます。既定はungated（全細胞）です。
3. 調整したい非対角セルをクリックします。
4. 次のいずれかでH / Vの係数を調整します。
   • 散布図を左右または上下へドラッグ
   • 下部のH / Vスライダーをドラッグ
   • 数値欄へパーセント値を直接入力
5. 結果を確認し、必要ならプリセットまたはJSONへ保存します。

「自動Compensation」は起動時にオンです。装置情報とチャンネル数・順序が保存済みプリセットに一致した場合だけ、自動的に行列が適用されます。

5. レイアウトを作る

プロットを配置する

• グラフウィンドウの「⤴」をクリックすると、現在のレイアウトへ自動配置されます。
• 「⤴」をドラッグして用紙上へ落とすと、好きな位置へ配置できます。
• ワークスペースのサンプル行やゲート行を、レイアウトへ直接ドラッグしても配置できます。

選択・移動・サイズ変更

見た目を整える

• プロットをダブルクリック、または右クリック→「プロット設定」で、母集団・軸・種類・統計表示などを変更します。
• 複数選択して設定を開くと、選択中の全プロットへまとめて適用できます。
• 右クリックの「書式のコピー」「書式のペースト」で、表示スタイルだけを他のプロットへ移せます。
• Histogram同士、またはPseudocolor / Dot plot同士を重ねてドロップすると、系列を重ね合わせできます。
• 空き場所をダブルクリックするとテキストを追加できます。既存テキストや軸名もダブルクリックで編集できます。

多数のサンプルを一括配置する

バッチ対象グループ、方向、列数（または行数）を選び、「Batch」を押します。選択中のプロットがテンプレートになり、グループ内の全サンプル分を並べた新しいレイアウトが作成されます。

画像・PDF・PPTXなどを置く

ファイルを用紙へドロップするか、「ファイル」→「レイアウトにファイルを配置…」（⇧⌘O）を使います。PDF、Illustrator（PDF互換）、SVG、PPTX、一般的な画像形式に対応します。他のアプリからのコピー＆ペーストも利用できます。

6. 保存・書き出し・印刷

作業を保存する

⌘Sでワークスペースを保存します。⇧⌘Sは「別名で保存」です。書き出しの前にも、作業用の .neo を保存しておくことをおすすめします。

成果物を書き出す

1. レイアウト上部の「エクスポート」を開きます。
2. 書き出すレイアウトを選びます。
3. 形式を選びます：PDF / PPTX / PNG / Illustrator（.ai）。
4. 必要に応じて解像度やPPTXのオプションを設定し、保存先を選びます。

全レイアウトの印刷は ⌘P、現在のレイアウト1枚だけならツールバーの「🖨 レイアウト印刷」を使います。

7. よく使うショートカット

8. 困ったとき

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